Σοβαρά προβλήματα εξακολουθούν να αντιμετωπίζουν χιλιάδες ιδιοκτήτες ακινήτων και επαγγελματίες σε σχέση με τη λειτουργία του Κτηματολογίου, παρά τις προσπάθειες που καταβάλλονται για την ολοκλήρωση της κτηματογράφησης.
Ένα από τα σημαντικότερα ζητήματα είναι τα ακίνητα «αγνώστου ιδιοκτήτη». Όπως δείχνουν τα στοιχεία, ο αριθμός τους εξακολουθεί να είναι υψηλός, καθώς πολλοί ιδιοκτήτες δεν προχώρησαν στη δήλωσή τους είτε λόγω άγνοιας, είτε λόγω αδιαφορίας, παραμονής στο εξωτερικό ή δυσκολιών στις διαδικασίες. Η κατάσταση αυτή εγκυμονεί σοβαρούς κινδύνους για τα περιουσιακά δικαιώματα, αφού ακίνητα που δεν δηλώνονται έγκαιρα ενδέχεται να περιέλθουν στο Δημόσιο.
Την ίδια στιγμή, σημαντικό πρόβλημα προκαλούν και οι εκκρεμείς αιτήσεις διόρθωσης στα κτηματολογικά γραφεία. Οι υποθέσεις αυτές αφορούν σφάλματα ή παραλείψεις στις εγγραφές και απαιτούν εξέταση, προκειμένου να αποτυπωθεί σωστά η ιδιοκτησιακή κατάσταση. Οι καθυστερήσεις στην επεξεργασία τους επηρεάζουν μεταβιβάσεις, αγοραπωλησίες και άλλες συναλλαγές που σχετίζονται με ακίνητα.
Προβλήματα καταγράφονται και στις επιτροπές ενστάσεων, όπου πολλές υποθέσεις εξακολουθούν να εκκρεμούν εξαιτίας οργανωτικών δυσκολιών, ελλείψεων σε προσωπικό και μεγάλου όγκου φακέλων. Παρότι αρκετές περιπτώσεις έχουν εξεταστεί, πολλές δεν έχουν ακόμη περαστεί στη βάση δεδομένων, με αποτέλεσμα να εμφανίζεται παλαιότερη εικόνα για την ιδιοκτησία.
Ένα ακόμη ζήτημα αφορά τις αντιρρήσεις επί των δασικών χαρτών. Σε αρκετές περιπτώσεις, ακίνητα έχουν χαρακτηριστεί ως δασικά, αναγκάζοντας τους ιδιοκτήτες να ακολουθήσουν χρονοβόρες διαδικασίες προκειμένου να διαφυλάξουν την περιουσία τους. Η κατάσταση γίνεται ακόμη πιο περίπλοκη σε περιοχές με ιδιαίτερα τοπικά χαρακτηριστικά.
Τέλος, σημαντικός αριθμός υποθέσεων εξακολουθεί να βρίσκεται στα δικαστήρια, γεγονός που επιβραδύνει περαιτέρω την οριστική διευθέτηση των εκκρεμοτήτων. Όλα αυτά δείχνουν ότι, παρά την πρόοδο που έχει σημειωθεί, το Κτηματολόγιο συνεχίζει να αντιμετωπίζει σοβαρές δυσλειτουργίες, οι οποίες επηρεάζουν άμεσα την ασφάλεια των συναλλαγών και την προστασία της ακίνητης περιουσίας.
